Inicialmente, Kikyo protegía la Perla de Shikon de todos los demonios que querían arrebatarla para incrementar su poder demoníaco, esto produjo la envidia de la sacerdotisa Tsubaki, la mejor sacerdotisa quien maldijo a Kikyo quien era la segunda mejor, para que se enamorara de un hombre, el cual causaría su muerte. Así conoce a Inuyasha, un ser mitad demonio mitad humano (hanyou) que intenta quitarle la perla numerosas veces sin éxito, para convertirse en un demonio completo. Kikyo al parecer comenzó a sentir algo por él y terminó enamorándose de Inuyasha, tal como lo había planeado Tsubaki. Kikyo es muy hermosa de cabello negro largo y vestida con el traje típico de sacerdotiza, con ojos color café, es conocida por su astucia y su amabilidad.

Un día Inuyasha y Kikyo decidieron reunirse para darse algo los dos, Kikyo creó un Collar Kotodama, un collar que podía hacer que InuYasha cayera al suelo con mucha fuerza al decir Kikyo una palabra que lo hiciera obedecer para que Inuyasha dejara de planear sus constantes intentos de tomar la perla, InuYasha le trajo a Kikyo una ostra con maquillaje que era de su madre humana, Kikyo se sintió culpable y no quiso darle el collar. En una ocasión, Tsubaki dispersó bestias y demonios por toda la región y que así Kikyo se encontrara muy cansada por las constantes peleas, Tsubaki intentó matar a Kikyo lanzándole una serpiente demonio pero Kikyo le devolvió el ataque al ojo de Tsubaki dejándole una cicatriz alrededor de su ojo de piel de serpiente, desde ese momento Tsubaki sintió más odio hacia Kikyo.

Kikyo se encontraba también a cargo de cuidar a un bandido llamado Onigumo, que había sido quemado y se encontraba inmovilizado, así que por lástima Kikyo lo alimentaba y cuidaba. Pero Onigumo sentía algo por Kikyo, una obsesión enfermiza. Onigumo había perdido la cordura, en ese momento un demonio araña, que sentía rencor hacia Kikyo, ya que ella había matado a los demonios que eran sus compañeros, convenció a Onigumo de que si dejaba que devoraran su alma miles de demonios, le otorgarían un cuerpo nuevo para moverse y estar con Kikyo, así que Onigumo accedió y se convirtió en un demonio llamado Naraku. Sin embargo todo lo que hizo fue hacer sufrir a Kikyo, acabando con su vida.

Kikyo convenció a Inuyasha de que podía usar la Perla de Shikon para otros fines, ya que él era mitad humano podía convertirse en humano en vez de demonio, de esa forma la perla se purificaría, se destruiría y él podría estar con Kikyo, ya que Kikyo perdería su oficio de cuidar la perla y podría ser una mujer humana normal, con derecho a amar y disfrutar de su vida, Inuyasha estuvo de acuerdo y al siguiente día se reunirían para hacerlo pero Naraku se enteró y no le gustó la idea, al día siguiente Kikyo corrió hacia el Árbol Sagrado Goshinboku donde se reunirían pero Naraku tomó la forma de InuYasha y atacó a Kikyo haciéndole una herida mortal en su hombro derecho, Naraku rompió la ostra con maquillaje que le había ragalado Inuyasha y tomó la perla haciéndose pasar por su amado, luego Naraku fue a la aldea y colocó la perla en su santuario llena de odio y se transformó en Kikyo y engañó a InuYasha, Inuyasha sintiéndose engañado tomó la Perla de Shikon y corrió con ella pero Kikyo llegó y lo selló en el Árbol Sagrado con una Flecha Selladora, y posteriormente pidió ser quemada con la perla cayendo muerta por la herida que le ocasionó Naraku. Años después, en la época actual nace la reencarnación de Kikyo, Kagome y es llevada por una demonio llamada la Mujer Ciempiés al Pozo DevoraHuesos que trasciende en el tiempo, llegando a la Época de las Guerras Civiles Japonesas, Kagome libera a InuYasha de su sello y descubre que dentro de ella estaba la perla, pero una Mujer Ciempiés se la quita de un mordisco, Kagome más tarde rompe la perla en miles de fragmentos y ahora deben recolectar los fragmentos perdidos, conociendo a nuevos amigos como Sango, Miroku, Shippo y Kirara.

Kikyo es resucitada por una bruja llamada Urasue y esto complica más la decisión amorosa de Inuyasha ya que comienza a sentir algo por Kagome pero aún ama a Kikyo, se enteran de la trampa de Naraku y que intenta conseguir la perla para ser el demonio más poderoso. Kikyo sigue amando a Inuyasha aunque al principio ella quiere que él muera con ella llevándolo al infierno, (pues ahora es imposible salvar su alma) a que pasen la eternidad juntos, después reacciona y confiesa que solo quiere la felicidad de Inuyasha, sin importarle la decision que él tome entre ella o Kagome.

Kikyo tiene dos decisiones y sabiamente escogerá una de las dos, morir con Inuyasha para ir con su amado al otro mundo o morir con Naraku para matarlo de una vez y que así la perla este a salvo.

También hay rumores de que Kikyo se fusiona con la sacerdotisa Midoriko ya que al ser herida por Naraku y curada por Kagome no fue suficiente así que Kikyo absorbió las almas de Midoriko para fusionarse y curarse. Así poco después Kikyo planea la destrucción de Naraku de manera que este sea purificado junto con la perla. Para lograrlo deben completar la perla por lo cual Kikyo llama a Kohaku, hermano de Sango para pedirle su fragmento, entonces Kohaku acepta acompañar a la sacerdotisa para que ella utilice el fragmento en el momento adecuado para acabar con Naraku. Pero aun faltaba saber como Kikyo conseguiría los fragmentos del lobo Koga hasta que en el capítulo 460 del manga, Kikyo planea usar los fragmentos de Koga para purificar a Naraku, y así no usar el fragmento de Kohaku.

Y finalmente en el capítulo 465 del manga Kikyo muere después de una batalla con Naraku, Inuyasha confiesa a Kikyo entre lágrimas que fue su primer amor y la besa, entonces Kikyo desaparece y muere, no sin antes reconocer que su alma ha sido salvada.

Su muerte no fue en vano, ya que logró dejar completamente purificado el centro de la Perla de Shikon, de tal forma que ni siquiera Naraku puede corromperlo como con el resto de la joya. Según las últimas palabras que Kanna le transmitió a Kagome antes de morir, esa diminuta luz dejada por Kikyo en la joya será la que destruya a Naraku definitivamente. También purificó completamente el fragmento de Kohaku, que reacciona contra Naraku cada vez que este intenta quitárselo.

Como último acto generoso de la miko esta decide usar el poder que infundió en el fragmento de Kohaku para permitirle seguir vivo en vez de usarlo para destruir a Naraku como era su intención original esto es mostrado en el capítulo 529 del manga llamado La perla es completada.